Adapun Setya Novanto waktu itu duduk sebagai Ketua DPR RI dan Ketua Umum Partai Golkar yang merupakan partai koalisi pendukung Jokowi.
Agus Rahardjo mengatakan, dia dipanggil Presiden Jokowi sendirian dan ditemani oleh Menteri Sekretaris Negara Pratikno.
"Saya terus terang, waktu kasus e-KTP saya dipanggil sendirian oleh presiden. Presiden pada waktu itu ditemani oleh Pak Pratikno (Menteri Sekretaris Negara),” ungkap Agus.
Dia menjelaskan, yang bikin heran ketika dia diarahkan tidak melalui jalur wartawan. Tetapi masuk melalui jalur Masjid Istana.
Agus mengatakan, ketika dia sampai di dalam ruangan. Presiden Jokowi langsung marah dan mengatakan hentikan. Dia pun tidak mengerti apa maksud Jokowi dengan menyebut hentikan.
"Jokowi bilang hentikan. Saya heran yang dihentikan apanya" kata Agus.
Namun setelah duduk, baru Agus mengerti yang dimaksud Jokowi adalah mengentikan kasus e-KTP
"Setelah saya duduk ternyata saya baru tahu kalau yang (Jokowi) suruh hentikan itu adalah kasusnya Pak Setnov,” lanjut Agus.
Namun perintah Presiden itu tidak diindahkan Agus. Sebab dirinya telah menerbitkan Surat Perintah Dimulainya Penyidikan (Sprindik) sejak 3 minggu lalu.
Sementara, saat itu dalam aturan hukum di KPK tidak ada mekanisme Surat Perintah Penghentian Penyidikan (SP3).
“Saya bicara apa adanya saja bahwa Sprindik sudah saya keluarkan tiga minggu yang lalu di KPK itu enggak ada SP3, enggak mungkin saya memberhentikan itu,” kata Agus.
Merespons itu, Jokowi kemudian bertanya kepada Pratikno. "pa itu Sprindik itu apa to?” ucap Agus menirukan Jokowi.
Pertemuan itu tidak menghasilkan apa-apa karena Agus menolak perintah sang presiden.
Kasus pengadaan proyek yang menjerat Setnov, terjadi pada kurun waktu 2011-2012, saat Setya Novanto menjabat Ketua Fraksi Partai Golkar di DPR.
Ia diduga ikut mengatur agar anggaran proyek E-KTP senilai Rp 5,9 triliun disetujui anggota DPR.
