Namun bioetanol juga memiliki beberapa keterbatasan dan tantangan. Produksi bioetanol memerlukan lahan, air, dan sumber daya lainnya, yang dapat menyebabkan persaingan dengan produksi pangan dan lingkungan.
Efisiensi produksi bioetanol dan dampak lingkungan dari penanaman tanaman bioetanol juga harus diperhatikan untuk memastikan bahwa manfaatnya lebih besar daripada dampak negatifnya.***
