Penyelenggaraan Sekolah Unggul Garuda berdasarkan Peraturan Presiden Republik Indonesia (Perpres) Nomor 116 Tahun 2025 tentang Penyelenggaraan Sekolah Menengah Atas Unggul Garuda yang ditandatangani Presiden Prabowo Subianto pada 20 November 2025. SMA Unggul Garuda sebagai komitmen pemerintah dalam meningkatkan kualitas pendidikan dan penyiapan sumber daya manusia unggul.
Penyelenggaraan sekolah ini dilaksanakan oleh Kementerian Pendidikan Tinggi, Sains, dan Teknologi (Kemendiktisaintek). Dalam penyelenggaraannya, SMA Unggul Garuda terdiri atas SMA Unggul Garuda Baru dan SMA Unggul Garuda transformasi. SMA Unggul Garuda baru adalah SMA Unggul Garuda yang dibangun baru dan dikelola oleh pemerintah pusat dengan kriteria khusus dalam rangka mempersiapkan lulusan dengan kompetensi unggul di bidang sains dan teknologi untuk melanjutkan pendidikan di perguruan tinggi terbaik. SMA Unggul Garuda Transformasi adalah SMA Unggul Garuda yang meliputi SMA atau MA yang diselenggarakan oleh pemerintah pusat, pemerintah daerah, atau masyarakat dengan pengayaan sehingga peserta didiknya dapat melanjutkan pendidikan di perguruan tinggi terbaik.
SMA Unggul Garuda bertumpu pada tiga pilar. Pertama, penyeimbang akses dengan memberikan akses bagi peserta didik dari berbagai latar belakang daerah dan sosial ekonomi untuk mendapatkan pendidikan berkualitas. Kedua, inkubator pemimpin, melalui pembentukan dan penguatan karakter kepemimpinan masa depan Indonesia. Ketiga, prestasi akademik dan pengabdian kepada masyarakat, melalui penyediaan pendidikan berkualitas tinggi dan pembinaan peserta didik untuk memiliki jiwa pelayanan dan pengabdian terhadap masyarakat.
SMA Unggul Garuda Transformasi dipilih dari SMA dan MA yang memenuhi kriteria, memiliki akreditasi A, dan memiliki prestasi di tingkat regional, nasional, dan/atau internasional. SMA dan MA ini diberikan pengayaan oleh Kemendiktisaintek meliputi setidaknya program pelatihan manajemen sekolah, pelatihan guru dan tenaga kependidikan, dan pembinaan peserta didik SMA Unggul Garuda Transformasi.