Pasal 5 dijelaskan sejumlah perpres yang sudah tidak berlaku lagi sejak Perpres baru ini ditetapkan ialah Perpres Nomor 108 Tahun 2020 tentang Komite Penanganan COVID-19 dan Pemulihan Ekonomi Nasional serta Perpres Nomor 33 Tahun 2022 tentang Pengadaan Vaksin dan Pelaksanaan Vaksinasi Dalam Rangka Penanggulangan Pandemi COVID-19.
Terakhir, Pasal 6 menyebutkan bahwa Perpres Nomor 48 Tahun 2023 ini mulai berlaku pada tanggal diundangkan yakni 4 Agustus 2023. (*)