"Ketika terjadi peristiwa ini, berat rasanya kita membubarkan Al Zaytun. Bagaimana membubarkan anak sebanyak 5.400 orang yang sekarang sedang belajar dari SD, SMP, SMA dan pesantrennya itu. Mau dikemanakan? Kalau mau diusir melanggar hak konstitusional," kata dia.
Menurut Mahfud, sikap tersebut seperti yang telah ditempuh pemerintah terhadap Ponpes Al Mukmin Ngruki milik Abu Bakar Ba'asyir yang saat itu merupakan salah satu pentolan teroris di Indonesia.
"Kalau kita sudah main tangan besi membubarkan lembaga pendidikan, bagaimana nanti masa depan negara hukum kita? Kita tidak punya sejarah sekali pun membubarkan lembaga pendidikan," ujar Mahfud.