Pada kesempatan itu, Moeldoko juga menekankan bahwa Papua terdiri atas enam provinsi dan 42 kabupaten dan kota, sedangkan yang dinyatakan sebagai zona merah separatis hanya tiga kabupaten, yakni Nduga, Intan Jaya, dan Puncak.
Tiga kabupaten itu dinyatakan sebagai zona merah separatis karena di daerah itu sering terjadi tindak kekerasan, di antaranya pemerkosaan dan pembunuhan terhadap masyarakat sipil, termasuk di antaranya terhadap anak-anak dan perempuan.