Amnesty International dan Human Rights Watch telah melayangkan protes atas penahanan Filep Karma.
Pada tahun 1998, Filep Karma terlibat aksi demonstrasi menggulingkan Soeharto dari kekuasaan. Filep Karma mengangkar isu pemisahana Papua dari NKRI.
Pada tanggal 2 Juli 1998, ia memimpin upacara pengibaran bendera Papua Barat di Biak. Para aktivisnya terlibat rusuh dengan polisi dan mencederai beberapa polisi.
