Jonatan tampil mengecewakan di babak perempat final saat menghadapi unggulan keempat, Chou Tien Chen. Pertandingannya berakhir dengan tiga gim 21-14, 11-21, 20-22 setelah bermain selama 71 menit.
"Pastinya kecewa dengan hasil ini, tapi saya tadi sudah melakukan yang terbaik," kata Jonatan usai pertandingan.
Indonesia akhirnya hanya meloloskan dua wakil ke babak semifinal yang datang dari nomor ganda putra. Mereka adalah Mohammad Ahsan/Hendra Setiawan dan Fajar Alfian/Muhammad Rian Ardianto, yang akan saling berhadapan untuk memperebutkan satu tempat di laga puncak.
