Shin Tae Yong ditunjuk menjadi pelatih Timnas Indonesia pada Desember 2019. Dia dikontrak hingga 2023 dengan target utamanya mempersiapkan timnas U-20 untuk Piala Dunia U-20 2023.
Namun, dalam prosesnya Shin menangani timnas senior dan U-23. Sementara timnas U-16 sepenuhnya dilatih Bima Sakti dengan pengawasan dari Shin.
Pada level timnas senior, Shin membawa Indonesia menjadi runner up Piala AFF 2020 dan meloloskan skuad “Garuda” ke putaran ketiga atau terakhir Kualifikasi Piala Asia 2023.
Kemudian, bersama timnas U-23, Shin mengantar skuadnya mendapatkan medali perunggu sepak bola putra SEA Games 2021.
