Berikut perubahan perjalanan dan transit KRL Commuter Line:
1) KRL Lin Cikarang tidak lagi menuju Stasiun Jakarta Kota, melainkan ke Stasiun Angke/Kampung Bandan via Manggarai/Pasar Senen
2) KRL Lin Loop dengan tujuan Bogor-Angke/Jatinegara akan dinonaktifkan
3) KRL Lin Bogor hanya akan menuju Stasiun Jakarta Kota melewati Jalur Layang Stasiun Manggarai
4) Pengguna KRL Bogor/Depok/Nambo ke arah Sudirman, Tanah Abang, Duri juga harus melakukan transit di stasiun Manggarai.
Rute terbaru KRL Bogor-Jakarta Kota dan sebaliknya:
Bogor > Cilebut > Bojong Gede > Citayam > Depok > Depok Baru > Pondok Cina > Universitas Indonesia > Universitas Pancasila > Lenteng Agung > Tanjung Barat > Pasar Minggu > Pasar Minggu Baru > Duren Kalibata > Cawang > Tebet > Manggarai > Cikini > Gondangdia > Juanda > Sawah Besar > Mangga Besar > Jayakarta > Jakarta Kota
Rute terbaru KRL Cikarang/Bekasi atau sebaliknya:
Pengguna KRL Cikarang/Bekasi yang sebelumnya bisa melakukan satu kali perjalanan langsung menuju Jakarta Kota, kini harus transit di Stasiun Manggarai.
Ada dua skema rute perjalanan KRL Cikarang/Bekasi, yaitu:
1) Cikarang > Cibitung > Tambun > Bekasi Timur > Bekasi > Kranji > Cakung > Klender Baru > Buaran > Klender > Jatinegara > Manggarai > Sudirman > Karet > Tanah Abang > Duri > Angke > Kampung Bandan > Rajawali > Kemayoran > Pasar Senen > Gang Setiong > Kramat > Pondok Jati > Jatinegara > Klender > Buaran > Klender Baru > Cakung > Kranji > Bekasi > Bekasi Timur > Tambun > Metland Telaga Murni > Cibitung > Cikarang
2) Cikarang > Cibitung > Tambun > Bekasi Timur > Bekasi > Kranji > Cakung > Klender Baru > Buaran > Klender > Jatinegara > Pondok Jati > Kramat > Gang Setiong > Pasar Senen > Kemayoran > Rajawali > Kampung Bandan > Angke > Duri > Tanah Abang > Karet > Sudirman > Manggarai > Jatinegara > Klender > Buaran > Klender Baru > Cakung > Kranji > Bekasi > Bekasi Timur > Tambun > Metland Telaga Murni > Cibitung > Cikarang.
