Kondisi geografis Desa Gendayakan memang berbukit-bukit dan berbatu kapur. Setiap musim kemarau hampir bisa dipastikan Desa Gendayakan menjadi langganan kekeringan dan krisis air bersih.
Desa yang berada di Kecamatan Paranggupito tersebut terletak 68 kilometer dari Kota Wonogiri dan berada pada ketinggian 195 meter di atas permukaan laut. Wilayah Paranggupito masuk dalam gugus karst Pegunungan Sewu.
