Sementara perihal pesantren yang disebut-sebut Saifuddin sebagai tempat yang melahirkan kaum radikal dan intoleran, Kemenag menepis hal tersebut apalagi Menag Yaqut merupakan sosok yang lahir dari lingkungan pesantren.
"Dia lupa bahwa Gus Menteri terlahir dari lingkungan pesantren dan juga keluarganya memiliki pesantren. Tentu Menag tidak setuju dengan pernyataan Pendeta Saifuddin," katanya.